Le Professeur Layton, pour qui les casse-tête n'ont pas de secret, accompagné de Luke son disciple, sont témoins d'un nouveau phénomène mystérieux.
Il ne tient plus qu'à eux d'évoluer à travers les nombreuses énigmes qui s'offrent à eux pour déterminer qui ou quel phénomène a pu causer la mort du Dr Schrader, le mentor du Professeur Layton.
Etait-ce la mystérieuse boîte Elyséenne dont on dit qu'elle tue quiconque ose l'ouvrir ?
Le Professeur Layton et Luke trouvent un billet de train pour le Molentary Express, premier indice d'une longue aventure...