Débutez votre quête dans la ville de Bourg Geon où vous devrez répondre à l'appel du Professeur Pokemon local. Il vous confiera pour mission de vous lancer dans un voyage épique au cours duquel vous en apprendrez plus sur la sinistre Team Rocket qui ne cesse de causer des problèmes aux Pokémon. Si la Team Rocket a été vaincue dans Pokemon Version Rouge Feu et Pokemon Version Vert Feuille, elle s'est à nouveau reconstituée dans la région de Johto. Mais que mijotent-ils en réalité ? On dirait que cette équipe des plus louches cache bien son jeu... vos Pokemon ne vous quitteront plus grâce au tout nouvel accessoire Pokewalker ! Le Pokewalker est inclus dans le jeu et compte les pas que vous faites dans la journée, vous permettant ainsi de développer votre amitié avec vos Pokemon. Utilisez le Pokewalker pour interagir avec vos Pokemon, attraper des Pokemon sauvages à l'aide du Poke Radar ou dénicher des objets avec le Radar à Objet puis transférez-les tous dans votre partie !